По высокой стороне (10 кВ) стоит счетчик, подключенный через трансформаторы тока и напряжения. Трансформаторы напряжения однофазные, 3 шт. По данным, полученным со счетчика удаленно, я увидел, что напряжения по фазам: 51, 64, 55 В, вместо 60В(+-1В), которое должно быть ( и было ранее). Скорее всего по какой-либо из фаз вылетел предохранитель по высокой стороне. Кто-нибудь может сказать как влияет пониженное напряжение на учет электроэнергии, на погрешность и в первую очередь колчество учтенной электроэнергии, ведь мощность при пониженном напряжении соответственно стала меньше. Счетчик Меркурий 230 ART.

Вы сами ответили на свой вопрос.
Естественно стало считать меньше.
Счётчику (образно пофиг) перемножил напряжение на ток получил мощность.
Меньше напряжение =Меньшая мощность

Уже кстати два раза ездил менял предохранитель ТН. На второй раз пригнал релейщика, все прозвонил, откинул лишнее заземление, отключили резистор и теперь вроде бы третью неделю работает. Хотя напряжение по фазе "А" все равно немного ниже (57,8В) чем на двух других фазах (60В).

Вторичка ТН сейчас заземлена (фаза В)? Для того чтобы видеть реальную картину работы ТН, вторичка должна быть заземлена (как правило всегда вторая фаза). Как обстоят дела с контрольным кабелем от ТН к счетчику, есть ли клемник. Надо прозвонить на предмет падения напряжения в проводах и контактах.
Ну если уж тут все в порядке, надо провести испытания (поверку) ТН по месту эксплуатации.

Вторичка фазы В заземлена. Контрольный кабель в порядке, клеммник есть под счетчиком, но замеряли напряжение и до него. Поверку проводили до установки. Скорее всего перекос по высокой, т.к. после месяца эксплуатации небаланс между этим счетчиком и расчетным (счетчик стоит в ПКУ на опоре, расчетный стоит на подстанции) меньше десятой процента.

А что за трансформаторы напряжения? Как включена первичка? Тип заземления нейтрали (изолированная, заземлённая через реактор или резистор)? Что за линия (кабель, воздушка)? Линия исправна? Разрядники / ОПНы в порядке? Защиты не работали? Какие есть?... .... ... ...